1993-cü il oktyabrın 3-də ümumxalq səsverməsi nəticəsində Heydər Əliyev Azərbaycan Respublikasının Prezidenti seçilib. O, 1998-ci il oktyabrın 11-də keçirilən seçkilərdə səslərin 76,1 faizini toplayaraq, yenidən prezidenti seçilib.

1941-ci ildən Heydər Əliyev Naxçıvan MSSR Xalq Daxili İşlər Komissarlığında və Naxçıvan MSSR Xalq Komissarları Sovetində şöbə müdiri vəzifəsində işləyib və 1944-cü ildə dövlət təhlükəsizliyi orqanlarına işə göndərilib. Bu dövrdən təhlükəsizlik orqanları sistemində çalışan Heydər Əliyev 1964-cü ildən Azərbaycan SSR Nazirlər Soveti yanında Dövlət Təhlükəsizliyi Komitəsi sədrinin müavini, birinci müavini, 1967-ci ildən isə sədri vəzifəsində işləyib, general-mayor rütbəsinə qədər yüksəlib.

Həmin illərdə o, Leninqradda (indiki Sankt-Peterburq) xüsusi ali təhsil alıb, 1957-ci ildə isə Azərbaycan Dövlət Universitetinin tarix fakültəsini bitirib. Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin 1969-cu il iyul plenumunda Heydər Əliyev Azərbaycan Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsinin birinci katibi seçilərək sovet dövrü ierarxiyasına uyğun olaraq respublikanın rəhbəri olub.

1982-ci ilin dekabrında Sovet İttifaqı Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsi Siyasi Bürosunun üzvü seçilən Heydər Əliyev SSRİ Nazirlər Soveti sədrinin birinci müavini vəzifəsinə təyin edilib və SSRİ-nin rəhbərlərindən biri olub. Heydər Əliyev iyirmi il ərzində SSRİ Ali Sovetinin deputatı, beş il isə SSRİ Ali Soveti sədrinin müavini olub. Heydər Əliyev 1987-ci ilin oktyabrında Sovet İttifaqı Kommunist Partiyası Mərkəzi Komitəsi Siyasi Bürosunun və şəxsən Baş katib Mixail Qorbaçovun yeritdiyi siyasi xəttə etiraz əlaməti olaraq, tutduğu vəzifələrdən istefa verib. Heydər Əliyev 1990-cı ilin 20 yanvarında sovet qoşunlarının Bakıda törətdiyi qanlı faciə ilə əlaqədar ertəsi gün Azərbaycanın Moskvadakı nümayəndəliyində bəyanatla çıxış edərək, Azərbaycan xalqına qarşı törədilmiş cinayətin təşkilatçıları və icraçılarının cəzalandırılmasını tələb edib.

O, Dağlıq Qarabağda yaranmış kəskin münaqişəli vəziyyətlə bağlı SSRİ rəhbərliyinin ikiüzlü siyasətinə etiraz əlaməti olaraq, 1991-ci ilin iyulunda Sovet İttifaqı Kommunist Partiyasının sıralarını tərk edib. 1990-cı ilin iyulunda Azərbaycana qayıdan Heydər Əliyev ilk əvvəl Bakıda, sonra isə Naxçıvdana yaşayıb, həmin ildə də Azərbaycan Ali Sovetinə deputat seçilib. O, 1991 - 1993-cü illərdə Naxçıvan Muxtar Respublikasının Ali Məclisinin sədri, Azərbaycan Respublikası Ali Soveti sədrinin müavini olub. Heydər Əliyev 1992-ci ildə Yeni Azərbaycan Partiyasının Naxçıvan şəhərində keçirilmiş təsis qurultayında partiyanın sədri seçilib. 1998-ci ildə Heydər Əliyev xalqın sevgisi nəticəsində növbəti dəfə prezident seçilib.

Heydər Əliyev ikinci dəfə hakimiyyətə gələndə də yenə özünün siyasi bacarığı gücünə ölkəni vətəndaş müharibəsi təhlükəsindən, ictimai-siyasi pərakəndəlikdən xilas edə bilmiş və cəmiyyətin məqsədini, qayəsini öz varlığında, özünün güclü şəxsiyyətində təzahür etdirərək, doğma xalqını yenidən vahid bir məfkurə ətrafında səfərbər edib onun qəlbində sabaha inam hissi yaratmağı bacarmışdı. Heydər Əliyevin Respublika rəhbərliyinə gəlməsindən sonrakı dövr milli özünüdərkin, milli özünəqayıdışın başlanğıcı kimi qəbul edilir. Tarixin yetirdiyi görkəmli şəxsiyyətlərdən olan Heydər Əliyevin parlaq siyasi zəkası sayəsində iki əsrin və iki minilliyin qovuşuğundakı Azərbaycan öz milli-mənəvi dəyərlərini qoruyaraq, üçüncü minilliyə inamla qədəm qoyub.