Ölkədə aparılan iqtisadi islahatların tərkib hissəsi və vergi sahəsində həyata keçirilən islahatların davamı kimi, Azərbaycan Respublikası Prezidentinin 4 avqust 2016-cı il tarixli "2016-cı ildə vergi sahəsində aparılacaq islahatların istiqamətlərinin və vergi inzibatçılığının təkmilləşdirilməsi haqqında Sərəncamı ilə Vergilər Nazirliyinə verilmiş tapşırıqların icrası, vergi orqanlarında kadr potensialından səmərəli istifadə edilməsi, eləcə də daha təkmil və müasir idarəetmə menecmentinin formalaşdırılması məqsədilə vergilər naziri Fazil Məmmədovun əmri ilə Vergilər Nazirliyində ciddi struktur dəyişiklikləri aparılıb.
Nazirlikdən unikal.org-a verilən məlumata görə, vergi cinayətlərinin təhlili və vergi borclarının alınması Baş İdarəsi və Vergi auditi və operativ nəzarət Baş İdarəsi ləğv edilərək, onların bazasında Vergi qanunvericiliyinin icrasına nəzarət Departamenti və Vergi öhdəliklərinin icrasına nəzarət Departamenti yaradılıb.
Vergi ödəyicilərinə xidmət Baş İdarəsi ləğv olunaraq onun bazasında Vergi ödəyicilərinə xidmət və şəffaf vergi partnyorluğu Departamenti yaradılıb.
Vergilər Nazirliyi yanında Bakı Vergilər və 1 saylı Vergilər Departamentləri ləğv olunaraq, onların bazasında Vergilər Nazirliyi yanında Xüsusi Gəlirlər Departamenti, Vergilər Nazirliyi yanında Lokal Gəlirlər Departamenti və Vergilər Nazirliyi yanında Bakı şəhəri Kiçik sahibkarlarla iş Departamenti yaradılıb.
